Музей Бенаки в 1930 году в бывшем семейном доме открыл Антонис Бенакис (1873-1954), потомок почтенной греческой семьи, в ту пору проживавшей в египетской Александрии. Основу музейной экспозиции составила его внушительная художественная коллекция, которую Бенакис начал собирать еще в Египте, а позднее завещал греческому государству. Собрание Бенакиса стало первым частным музеем Греции.

Экспозиция начинается скульптурами V века до н.э. На втором этаже разместились ценные находки с греческих островов и из Малой Азии. Предметы прикладного искусства занимают третий этаж, где можно видеть украшения, резьбу по дереву, керамику и большую коллекцию греческого костюма. Кроме этого, здесь есть микенские украшения, большое число предметов культа, например, раннее евангелие, церковная утварь и несколько изящных икон, К одному из ценнейших экспонатов относится письменный стол лорда Байрона. Еще один экспонат — это обстановка из зала для приема гостей из египетского дворца XVII века. Здесь можно увидеть одну из самых ранних работ, написанную маслом (III век) — портрет молодого человека на холсте, выполненный египетским художником. На четвертом этаже разместились работы Эль Греко.

Само здание музея — одно из красивейших строений неоклассицизма в Афинах. На его верхнем этаже расположено кафе, откуда открывается изумительный вид на находящиеся неподалеку Национальные сады.